微生物是水体中的分解者，它可以分解去除水中的有机污染物、氮、磷及抑制藻类的生长。微生物具有培养周期短、生长繁殖迅速、适应能力强、转化效率高等特点，当水体中降解菌较少时，向水体中投加菌剂，见效较快。一般选用微生物复合菌剂，含菌种类多为光合菌、酵母菌、乳酸菌、谷草芽孢杆菌、放线菌等。菌剂有液体、固体等。